A alquimia espiritual, embora pudesse existir independentemente das operações metalúrgicas externas, provavelmente teve suas obras externa e interna desenvolvidas paralelamente, pois em civilizações voltadas ao objetivo supremo do homem a arte servia a fins espirituais e o simbolismo baseava-se em atos visíveis.

• A análise de alguns processos alquímicos simples se justifica por terem servido como exemplo e ponto de referência constantes.

As operações metalúrgicas fundamentais incluíam a extração do metal do mineral bruto, sua fusão e a aleação com outros metais para melhorar suas propriedades.

• A obtenção de produtos químicos como antimônio, enxofre e mercúrio servia para limpar os metais, infundir-lhes novas propriedades, torná-los mais fusíveis, consistentes ou alterar sua cor.
• O mercúrio, embora seja um metal, também era utilizado para dissolver outros metais.

A manipulação desses produtos químicos ampliou o campo da metalurgia para o que hoje é a Química, razão pela qual artes como a fabricação de vidros coloridos, gemas artificiais e tinturas foram incorporadas ao legado alquímico e suas metáforas.

Alquimistas como Djâbir Ibn Hayyân, Abu Bekr ar-Râzí e Geber descreveram operações fundamentais de índole química que, por seu caráter geral, também serviam como exemplos de processos internos.

• Djâbir elencou quatro processos fundamentais: limpeza das substâncias, dissolução, nova consolidação e aleação.
• Ar-Râzí e Geber mencionaram operações como sublimação (separação de matéria evaporável), clarificação por decantação (segregação de metais de minerais não fundíveis), destilação (filtração de solúveis), calcinação (transformação de metal em óxido solúvel) e ceração (tornar matérias duras em cerosas ou fundíveis).
• Nessas operações, além de meios minerais, utilizavam-se matérias orgânicas como óleo e orina.

A alquimia prática, embora carecesse dos conhecimentos analíticos da química moderna, possuía uma visão mais clara dos aspectos qualitativos da matéria e de suas transmutações, com métodos extraordinariamente sutis que eventualmente se adentravam em caminhos não considerados pela Ciência moderna, pois a natureza tem múltiplas facetas.

As mutações de uma mesma matéria pelos estados líquido, gasoso e sólido, com alterações de consistência e cor, ofereciam um símbolo claro da matéria básica do mundo e da natureza da alma.

• Essas transformações em pequena escala, no forno e na retorta, revelavam o grande processo da natureza, tanto no âmbito psíquico quanto no físico.

Para perceber a lei geral nas transmutações materiais, os alquimistas recorriam aos quatro elementos e às quatro propriedades (quente, frio, úmido, seco), estas últimas como fatores ativos.

• Aristóteles esquematizou essa relação, mostrando que as quatro propriedades naturais agem como agentes indutores que fazem a matéria corporal percorrer todos os estados elementais, sem que os elementos propriamente se convertam uns nos outros.
• O calor e o frio são as verdadeiras forças indutoras, e como o frio pode ser visto como negação do calor, a ação do fogo basta para que a matéria passe sucessivamente pelos estados líquido, gasoso, ígneo e sólido, imitando a obra da Natureza.

O esquema das propriedades naturais pode ser aplicado ao mundo interior, substituindo calor, frio, umidade e secura por expansão, contração, dissolução e solidificação, propriedades estas correspondentes aos quatro elementos e às qualidades da alma.

O valor especulativo da alquimia, no sentido primitivo de speculatio como espelho de verdades espirituais, reside na conexão da observação de um caso visível com os grandes processos da Natureza.

• A intrusão nos recônditos invisíveis de cada matéria, objetivo da Química moderna, não contribui para essa tarefa e afasta-se da visão de conjunto material e espiritual.

A verdadeira significação da contemplação hermética da natureza é expressa por Muhyi-d-Dín Ibn 'Arabí: o mundo da natureza consiste em múltiplas formas refletidas em um único espelho, ou melhor, em uma única forma refletida em múltiplos espelhos, paradoxo que é a chave do sentido espiritual dos fenômenos físicos.

O esquema dos elementos e propriedades naturais assemelha-se à roda cósmica, cuja circunferência é a órbita solar e cujos raios são os quatro pontos cardeais.

• No campo alquímico, o cubo da roda é a quinta-essência, que designa tanto o polo espiritual dos quatro elementos quanto sua substância básica comum, o éter, no qual os quatro estão integralmente presentes.

Para reconquistar esse centro, os componentes contrapostos dos elementos devem reconciliar-se: a água deve tornar-se ígnea, o fogo líquido, a terra ingrávida e o ar sólido, o que remete ao campo da alquimia interior.

Sinésio explica que a produção da pedra filosofal é a modificação da natureza e do ciclo dos elementos, pela qual o húmido se faz seco, o volátil se solidifica, o espiritual se faz corpóreo, o líquido cristaliza, a água se faz fogo e o ar terra, despojando-se os quatro elementos de sua natureza para assumir a de seu oponente.

• Assim como no princípio era um, na obra tudo procede de um e retorna a um, o que significa a reversão dos elementos.