A aceitação da alquimia pelas religiões monoteístas — cristianismo, judaísmo e islamismo — explica-se pelo fato de que suas ideias cosmológicas, ligadas organicamente à antiga metalurgia, foram acolhidas simplesmente como conhecimento da natureza, do mesmo modo que o legado pitagórico contido na música e na arquitetura foi incorporado ao mundo espiritual cristão e islâmico.
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Do ponto de vista cristão, a alquimia era um espelho natural das verdades reveladas: a pedra filosofal representa Cristo, e sua obtenção pelo fogo do enxofre e pela água do mercúrio simboliza o nascimento do Cristo Emanuel.
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A assimilação ao cristianismo fecundou espiritualmente a alquimia, enquanto o cristianismo avançou por um caminho que, pela contemplação da natureza, podia conduzir à verdadeira gnose.
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No mundo islâmico a adoção foi ainda mais fácil: o islã sempre esteve pronto a reconhecer como legado de antigos profetas qualquer arte pré-islâmica oferecida sob o signo da sabedoria (hikmah), e Hermes Trismegisto é frequentemente equiparado a Henoc (Idris).
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A doutrina da unidade do ser (wahdat al-wujud), interpretação esotérica do credo unitarista islâmico, deu ao hermetismo um novo eixo, restituindo toda a amplitude ao primitivo horizonte espiritual e libertando-o da aspereza do helenismo tardio.
Com a incorporação gradual ao mundo espiritual da Antiguidade clássica e da religião semítica, a alquimia ampliou seu acervo de imagens, mas certos traços fundamentais permaneceram constantes ao longo dos séculos, entre eles um plano concreto da obra alquímica cujas fases são designadas por determinados processos e por certa mudança nas cores da matéria.
No mundo romano-cristão a alquimia penetrou primeiro por Bizâncio e depois em maior medida pela Espanha muçulmana, tendo no mundo islâmico já alcançado seu apogeu com Jabir ibn Hayyan, discípulo do sexto imã xiita Jafar al-Sadiq, que fundou no século VIII uma verdadeira escola deixando centenas de escritos alquímicos.
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O nome de Jabir tornou-se símbolo dos ensinamentos alquímicos, e o autor da Summa Perfectionis, italiano ou catalão do século XIII, latinizou-o como Geber.
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Com a adoção da ideologia grega pelo Renascimento irrompeu no Ocidente uma nova onda de alquimia bizantina, e nos séculos XVI e XVII muitas obras alquímicas antes circuladas em manuscrito foram impressas.
A decadência do hermetismo europeu iniciou-se já no século XV à medida que o pensamento ocidental se tornava mais humanista e racionalista, embora elementos de uma autêntica gnose, deslocados do âmbito teológico pelo caráter unilateralmente sentimental da nova mística cristã e pela propensão agnóstica da Reforma, tenham se refugiado nas especulações alquímicas.
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Nesse movimento incluem-se as reminiscências herméticas observáveis em Shakespeare, Jakob
Boehme e Johann Georg Gichtel.
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Mais que a alquimia propriamente dita, perdurou a Medicina dela derivada, à qual
Paracelso deu o nome de Medicina espagírica, derivado dos termos gregos correspondentes ao alquímico solve et coagula.
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A alquimia europeia pós-renascentista tem caráter fragmentário e lhe falta o fundo metafísico para ser uma arte espiritual, o que se diz de seus últimos expoentes do século XVIII, apesar de homens eminentes como Newton e Goethe a ela se terem dedicado sem êxito.
Não pode existir uma alquimia livre-pensadora e hostil à religião, pois o primeiro requisito de todo arte espiritual é o reconhecimento do que a condição humana precisa para sua salvação, e a alquimia se destruiria a si mesma se se negasse a reconhecer as verdades reveladas pelo cristianismo.
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Afirmar que a alquimia ou a ciência hermética é uma religião autossuficiente ou um paganismo dissimulado encerra necessariamente o germe do racionalismo e da adoração do homem, anulando de antemão todo esforço voltado ao magistério interior.
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O espírito não iluminará a quem o negue a ele ou ao Espírito Santo em qualquer de suas revelações.
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A alquimia, não sendo em si uma religião, necessita ser confirmada pela Revelação dirigida a todos os homens, e essa confirmação consiste em que seu próprio caminho e sua obra constituem o meio de acesso ao eterno significado da mensagem de salvação.
O caráter apócrifo de muitos textos alquímicos ou a impossibilidade de situar cronologicamente seus autores não lhes retira valor, pois esses nomes, como o latinizado Geber, são mais que assinaturas: são indícios que apontam para uma determinada rama da transmissão.