A metafísica assim definida não se confunde com a filosofia nem é uma parte dela, mas algo de outra ordem; Pitágoras considerava a filosofia como uma preparação para a sabedoria, de modo que ela estava longe de ser autossuficiente.
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O conhecimento metafísico, considerado com Boaventura de ordem sobrenatural, efetua-se por uma potência de ordem suprahumana — o intelecto — numa iluminação (photismos, nome do batismo ou iniciação cristã, cf. 2Cor 4,4 e 6) que culmina numa intuição intelectual; quem diz intuição diz conhecimento imediato, portanto sem intermediário e necessariamente infalível.
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Aristóteles afirma no livro III do De Anima que a alma é em certo sentido todas as coisas, pois o ato do sensível e o do sentiente são um único e mesmo ato; Tomás retomou essa doutrina e a precisou pelos diversos graus de identificação; na conhecimento perfeito, Conhecimento, Conhecedor e Conhecido não são mais que um.
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Se o conhecimento metafísico comporta uma identificação com o próprio objeto de seu conhecimento, ele é verdadeiramente operativo e não apenas especulativo; a verdadeira Conhecimento é a realização metafísica, que não é outra coisa que a identificação descrita.
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Após o estágio especulativo deve vir o estágio operativo, que realiza o que foi entrevisto no estágio precedente por meios designáveis sob o nome geral de ritos; esses ritos são objeto de Revelação, pois devem ser de origem não humana ou suprahumana; permitem uma conformidade em vários graus, desde a ordem moral e exterior até a identificação com o Princípio supremo, onde não há mais união mas unidade — ou mais exatamente, não-dualidade.
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A intuição intelectual difere da intuição bergsoniana: Bergson criticou em termos frequentemente exatos a razão e quebrou o espartilho do racionalismo, mas o que propõe é uma intuição de ordem infra-racional — o élan vital está mais próximo do instinto que da verdadeira inteligência; seu sistema é subversivo porque coloca no cume da hierarquia das faculdades aquela que deveria ocupar o último lugar; se para Bergson a realidade suprema está no devir, toda metafísica é radicalmente impossível, pois seu objeto é precisamente o que está além do devir e escapa totalmente à duração pura; René Guénon em
Orient et Occident e Frithjof Schuon em
L'oeil du coeur desenvolvem críticas análogas às filosofias evolucionistas, incluindo as derivadas de Teilhard de Chardin.
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O ilimitado não pode encerrar-se nos limites da linguagem humana; se é preciso usar palavras para se fazer compreender, elas existem antes para fazer assentir à realidade do que para defini-la; as palavras servem de suporte de intelecção, são símbolos; a metafísica é tão rigorosa em sua ordem quanto a matemática, baseada também na evidência; a inteligência reside no coração — por isso é chamada olho do coração (Ef 1,18), conforme Frithjof Schuon em L'oeil du coeur —, e a razão é seu reflexo passivo que reside no cérebro; após a apreensão racional dos dados, deve ocorrer a assimilação pela inteligência para que irrompa o fulgur veritatis.
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Em terminologia da lógica moderna, a metafísica pode ser considerada uma metalinguagem comum às diversas tradições espirituais da humanidade; é sempre um comentário de textos sagrados ou revelados por meio de conceitos aptos a fazer perceber sua riqueza espiritual — razão pela qual Clemente de Alexandria diz que a filosofia é o pedagogo em direção a Cristo.